Jednak od pobrania próbki od pacjenta do jest analizy i wydania wyniku prowadzi długa droga. Aby hodowla spełniała swoje zadanie konieczne są podłoża bakteriologiczne, które należy dobrać do wymagań patogenów obecnych w badanym materiale, zapewniając im optymalne warunki wzrostu.

Podłoża bakteriologiczne można podzielić ze względu na skład chemiczny, konsystencję czy zawartość substancji odżywczych, jednak ze względów praktycznych najczęściej wykorzystywany w diagnostyce mikrobiologicznej jest podział podłoży pod kątem ich zastosowania. Istnieje szereg podłoży bakteriologicznych, które dedykowane są danym grupom bakterii, a także przeznaczonych do posiewu odpowiednich materiałów klinicznych.

Przy planowaniu badań w laboratorium należy uwzględnić wszystkie rodzaje podłoży. Ich dobór powinien być adekwatny do zakresu prowadzonych badań, by przy możliwie najmniejszej liczbie podłoży uzyskiwać wszystkie niezbędne informacje. Zwykle jest to kwestia indywidualna, związana z charakterem działalności danego laboratorium, jednak w niektórych gałęziach przemysłu, np. w przemyśle farmaceutycznym czy spożywczym, obowiązujące normy i przepisy ściśle określają wymagany asortyment podłoży.

W wyniku hodowli można określić rodzaj bakterii oraz jej cechy, takie jak szybkość wzrostu czy wrażliwość na antybiotyki. Testy oporności umożliwiają określenie, jakie antybiotyki są skuteczne przeciwko danemu patogenowi, co jest kluczowe w leczeniu zakażeń bakteryjnych.

Nowoczesne technologie, metody molekularne, spektrometry, czy sekwencjonowanie DNA coraz śmielej wkraczają do świata badań mikrobiologicznych pozwalając na szybką i precyzyjną identyfikację patogenów, a co za tym idzie szybkie i precyzyjne wydanie wyniku. Badania pomogą lekarzowi we wdrożeniu odpowiedniej celowanej antybiotykoterapii, która zwiększy szanse przeżycia pacjenta.
Obecnie standardem w Europie i Polsce jest pełna diagnostyka mikrobiologiczna wykonywana w ciągu 48 do nawet 60 godzin w zależności od zastosowanych technologii. Od pobrania próbki, posiewu krwi, poprzez zidentyfikowanie czynnika etiologicznego, aż po oznaczenie np. lekowrażliwości i wydanie pełnego wyniku.
Rosnąca oporność drobnoustrojów na obecne na rynku antybiotyki bezpośrednio wpływa również na ilości przypadków sepsy w lecznictwie zamkniętym.

W roku 2019 na całym świecie było ponad 48 mln przypadków, a średnio co 2,8 sekundy ktoś umierał z powodu sepsy (o sepsie i wykorzystaniu nowoczesnych technologii diagnostycznych czytaj więcej w sekcji: technologie)

Podsumowując, mikrobiologia odgrywa kluczową rolę w diagnostyce, umożliwiając szybkie i dokładne wykrywanie patogenów oraz określanie ich właściwości i czułości na antybiotyki. Rozwój technologii mikrobiologicznych pozwala na jeszcze bardziej dokładne i skuteczne diagnozowanie chorób zakaźnych, co ma kluczowe znaczenie dla zdrowia publicznego.